Als Schimmel bezeichnet man Pilze, deren Hyphen auf der Oberfläche wachsen. Sie sind keine systematische Gruppe, und die von ihnen produzierten Substanzen sind vielfältig. So ist es nicht verwunderlich, dass einige Arten wegen ihrer Giftstoffe gefürchtet sind, während andere wegen ihres Nutzen geschätzt werden.
Der Schimmel, der Brot befällt, ist in der Regel der Jochpilz Mucor mucedo (Mucoraceae), es kann auch einer der Schlauchpilze Neospora sitophila oder Neospora crassa (Sarcocystaceae) sein.
Der Schimmel, der Walnüsse und Erdnüsse befällt, ist der Schlauchpilz Aspergillus flavus (Trichocomaceae), der Aflatoxine mit karzinogener und leberschädigender Wirkung produziert. Daher darf man verschimmelte Wal- und Erdnüsse nie essen.
Eine andere Art derselben Gattung ist Koji.
Zur selben Gattung gehört außerdem Aspergillus ochraceus, der Ochrase bildet, eine fibronolytische Protease, die bei Thrombose und Herzinfarkt eingesetzt wird. Und von Aspergillus niger gibt es eine gentechnisch veränderte Form, die ein Lab erzeugt.
Zur Fermentation von Soja zur Gewinnung von Tempeh dient Rhizopus oligosporus (Mucoraceae) mit proteolytischer Wirkung.
Eine wichtige Gattung von Schlauchpilzen (Familie Trichocomaceae) ist der Pinselschimmel, von dem viele Arten zu ganz unterschiedlichen Zwecken genutzt werden.
Diverse Schimmelpilze unterschiedlicher Verwandtschaftsgruppen, darunter Geotrichum candidum (Endomycetaceae) werden zur Bereitung von Weißschimmelkäse genutzt.
Verschiedene Schimmelpilze erzeugen von Natur aus Stoffe mit Labwirkung, die auch als Labaustauschstoffe bezeichnet werden. Auf den Etiketten der mit ihnen bereiteten Käse wird das Lab in der Regel als mikrobielles Lab deklariert. Die betreffenden Arten sind Rhizomucor miehei (Synonym: Mucor miehei), Rhizomucor pusillus (Synonym: Mucor pusillus; Mucoraceae, heute auch zu den Lichtheimiaceae gestellt) und Endothia parasitica (Cryphonectriaceae). Für das Einlaben von Kamelmilch ist die Protease von Rhizomucor miehei deutlich besser geeignet als das Chymosin vom Kälberlab, aber für die Milch von Wiederkäuern, gelten die bakteriellen Proteasen als minderwertig. Die gentechnisch veränderten Stämme der Art Aspergillus niger erzeugen Chymosin, also das Enzym, das im Kälberlab wirkt.
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